Atomy stejného prvku s různým hmotnostním číslem se označují izotopy. Mají odlišné vlastnosti. Některý izotop se v přírodě vyskytuje běžně, jiné jen ve stopových množstvích.

Např. běžný je izotop vodíku ¹H₁,  kdežto izotopy   ²H₁ (deuterium) a ³H₁  (tritium) jsou spíše pouze ve stopách.

Při zápisu horní číslo udává počet protonů a neutronů, dolní číslo počet protonů.