V současném zemědělství se často používají také látky zvané  pesticidy (biocidy), Jsou to uměle vyrobené látky pro potlačování chorob a škůdců. Tyto cizorodé látky se v potravních řetězcích nerozkládají, naopak se v nich mohou hromadit. Některé z nich v minulosti působily řadu ekologických katastrof.

V současné době se některé tyto látky nesmějí vůbec používat a sleduje se, zda a v jaké míře se zbytky povolených látek dostávají do hospodářských plodin, aby se neohrožovala kvalita potravin. Nebezpečné je šíření těchto látek v krajině i v současné době, protože obvykle nepůsobí jen na některý druh rostliny či živočicha, ale i na další organismy a v krajině se narušuje rovnováha a biodiverzita.