Pro ochranu biodiverzity mají zvláštní význam chráněná území. Podle jejich poslání a velikosti se rozdělují na maloplošná jako jsou přírodní rezervace, národní přírodní rezervace, přírodní památky a národní přírodní památky a velkoplošná – tj. chráněné krajinné oblasti a národní parky.

Do některých části chráněných území (např. národní přírodní rezervace) se nesmá vůbec vstupovat a jsou určeny pouze pro studium přírody.