V poslední době se při šlechtění využívají i nové způsoby, při kterých se přímo různě upravují a mění chromozomy v buněčném jádru. Vznikají tak zvané geneticky modifikované organismy, které se označují zkratkou GMO. Názory na používání takových hospodářských rostlin a živočichů jsou různé – a v současné době jsou rozšířeny hlavně jen v některých oblastech světa. V Evropě jen velmi málo.