Vztahy mezi jedinci, populacemi, společenstvy a ekosystémy jsou velmi složité. Proto se někdy zkoumání složitých souvislostí musí omezovat – např. jen na studium společenstav živočichů, nebo rostlin,popř. hub, nebo půdních organismů,  i když v přírodě taková omezení neexistují – vždy jsou součástí ekosystémů společně rostliny, živočichové i ostatní organismy.